Here is a list of all functions with links to the classes they belong to:

- a -

• annotatePredictions_() : NuXLRTPrediction
• apply() : NuXLLinearRescore

- b -

• buildPredictorsAndResponse_() : NuXLRTPrediction
• buildPredictorsAndResponseFromIdentifiedFeatures_() : NuXLRTPrediction

- c -

• calculateAndFilterFDR_() : NucleicAcidSearchEngine
• calculatePrecursorMass_() : NucleicAcidSearchEngine

- d -

• deisotopeAndSingleChargeMSSpectrum_() : NucleicAcidSearchEngine

- e -

• encodeAAHist_() : NuXLRTPrediction
• encodeNAHist_() : NuXLRTPrediction

- g -

• generateLFQInput_() : NucleicAcidSearchEngine
• getModifications_() : NucleicAcidSearchEngine
• getSubsectionDefaults_() : TOPPFLASHDeconv

- h -

• HasInvalidLength() : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength

- i -

• ImmoniumIonsInPeptide() : ImmoniumIonsInPeptide

- m -

• main_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport

- n -

• NucleicAcidSearchEngine() : NucleicAcidSearchEngine

- o -

• operator()() : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength

- p -

• parseAdduct_() : NucleicAcidSearchEngine
• postProcessHits_() : NucleicAcidSearchEngine
• PrecursorInfo() : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• predict() : NuXLRTPrediction
• preprocessSpectra_() : NucleicAcidSearchEngine

- r -

• registerOptionsAndFlags_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport
• resolveAmbiguousMods_() : NucleicAcidSearchEngine

- t -

• TOPPFLASHDeconv() : TOPPFLASHDeconv
• TOPPGNPSExport() : TOPPGNPSExport
• train() : NuXLRTPrediction