Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- a -

• adduct : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• ambiguous_mods_ : NucleicAcidSearchEngine
• amino_acids : NuXLRTPrediction
• annotatePredictions_() : NuXLRTPrediction
• annotations : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit
• apply() : NuXLLinearRescore

- b -

• buildPredictorsAndResponse_() : NuXLRTPrediction
• buildPredictorsAndResponseFromIdentifiedFeatures_() : NuXLRTPrediction

- c -

• C : ImmoniumIonsInPeptide
• calculateAndFilterFDR_() : NucleicAcidSearchEngine
• calculatePrecursorMass_() : NucleicAcidSearchEngine
• charge : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• ConstRibonucleotidePtr : NucleicAcidSearchEngine

- d -

• deisotopeAndSingleChargeMSSpectrum_() : NucleicAcidSearchEngine

- e -

• E : ImmoniumIonsInPeptide
• elements : map< K, T >, vector< T >
• encodeAAHist_() : NuXLRTPrediction
• encodeNAHist_() : NuXLRTPrediction

- f -

• F : ImmoniumIonsInPeptide
• first_type : pair< T1, T2 >
• fragment_ion_codes_ : NucleicAcidSearchEngine

- g -

• generateLFQInput_() : NucleicAcidSearchEngine
• getModifications_() : NucleicAcidSearchEngine
• getSubsectionDefaults_() : TOPPFLASHDeconv

- h -

• H : ImmoniumIonsInPeptide
• HasInvalidLength() : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength
• HitsByScore : NucleicAcidSearchEngine

- i -

• ImmoniumIonsInPeptide() : ImmoniumIonsInPeptide
• isotope : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo

- k -

• K : ImmoniumIonsInPeptide
• keys : map< K, T >

- l -

• L : ImmoniumIonsInPeptide

- m -

• M : ImmoniumIonsInPeptide
• main_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport
• max_size_ : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength
• min_size_ : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength

- n -

• NucleicAcidSearchEngine() : NucleicAcidSearchEngine
• nucleotides : NuXLRTPrediction

- o -

• oligo_ref : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit
• operator()() : NucleicAcidSearchEngine::HasInvalidLength

- p -

• P : ImmoniumIonsInPeptide
• parseAdduct_() : NucleicAcidSearchEngine
• postProcessHits_() : NucleicAcidSearchEngine
• precursor_error_ppm : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit
• precursor_ref : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit
• PrecursorInfo() : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• predict() : NuXLRTPrediction
• preprocessSpectra_() : NucleicAcidSearchEngine

- q -

• Q : ImmoniumIonsInPeptide

- r -

• registerOptionsAndFlags_() : NucleicAcidSearchEngine, TOPPFLASHDeconv, TOPPGNPSExport
• resolve_ambiguous_mods_ : NucleicAcidSearchEngine
• resolveAmbiguousMods_() : NucleicAcidSearchEngine

- s -

• scan_index : NucleicAcidSearchEngine::PrecursorInfo
• second_type : pair< T1, T2 >
• sequence : NucleicAcidSearchEngine::AnnotatedHit
• svm : NuXLRTPrediction

- t -

• TOPPFLASHDeconv() : TOPPFLASHDeconv
• TOPPGNPSExport() : TOPPGNPSExport
• train() : NuXLRTPrediction

- w -

• W : ImmoniumIonsInPeptide

- y -

• Y : ImmoniumIonsInPeptide